小港在荷據時期已經開發，荷蘭人建立紅毛港使之與安平港成為犄角之勢。明鄭時期屬萬年縣，為國姓爺鄭成功部將吳燕山所墾拓。
清朝時代先後隸屬於鳳山縣鳳山莊、鳳山里，其後又分為鳳山上、下二里。日據時期因地方行政區域迭經更張，隸屬時變，先後隸屬於鳳山支廳、鳳山小港庄轄有小港、二苓、大仁宮、店仔後、鹽水港、中林子、鳳鼻頭、大林蒲、紅毛港、中大厝、空地仔、莿蔥腳、中廓、大坪頂、二橋等十五個部落。
民國三十四年台灣光復後，將所有街庄改為鄉鎮，小港鄉隸屬高雄縣。民國六十八年七月一日高雄市改制為直轄市，小港鄉由高雄縣歸併高雄市並更改為小港區。